這是最早在原核基因的激活蛋白和阻遏蛋白中發(fā)現(xiàn)的調(diào)控蛋白, 是一種同型二聚體。構(gòu)成同型二聚體的每個(gè)單體由20個(gè)氨基酸殘基的小肽組成α螺旋-轉(zhuǎn)角-α螺旋結(jié)構(gòu), 其中一個(gè)螺旋為識(shí)別螺旋(recognition helix), 負(fù)責(zé)識(shí)別DNA大溝的特異堿基序列。另一個(gè)螺旋沒有堿基特異性, 與DNA磷酸戊糖鏈骨架接觸。在與DNA特異結(jié)合時(shí), 以二聚體形式發(fā)揮作用, 結(jié)合靠蛋白質(zhì)的氨基酸側(cè)鏈與特異堿基對(duì)之間形成氫鍵。