一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個項目專題的文章,并寫出對該專題的綜述,以便對自己所要做的課題的現(xiàn)狀有一個基本的了解。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
同類參考軟件：Endnote 3.1.2

　二、序列分析、實驗設計模擬階段。
1.綜合性軟件。
這類軟件要求對本階段上述的大部分功能均具備，而且這類軟件在一些專項分析上仍有絕對優(yōu)勢。
推薦軟件：DNASTAR 4.03
同類參考軟件：Vector NTI Suite 6.0,Omiga 2.0、DNASIS 2.5,DNATools 5.1
2.制酶分析。
可能是最簡單的功能了，用普通的文本搜索也能找出相應的序列位點。正因如此，我們希望軟件在結果輸出上有更完美的表現(xiàn)。另外幾乎所有的軟件都沒有考慮在酶切位點前應該有保護堿基，所以該分析通過，并不能在實驗中總能通過。
推薦軟件：DNAssist 1.0
同類參考軟件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0和其他多種軟件
3.引物設計。
引物設計一般包括用于檢測和用于進一步分子操作的引物。其中用于分子操作的在原來序列上設計，加上接頭和保護堿基。但幾乎所有軟件都沒有考慮接頭和保護堿基的設計。因此能否對假定的引物進行各種屬性的分析，參考各種結果，最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關鍵。
推薦軟件：Primer3
同類參考軟件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0,DNAClub,Oligo 5.0
4.序列比對。
序列比對包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列兩類。與限制酶分析相似，由于這類軟件的算法沒有多大變化，內(nèi)核大都是相同的，所以其結果輸出和易用性也成了更重要的標準。
推薦軟件: GeneDoc 3.2，MagAlign 4.03（Lasergene Suite）
同類參考軟件：Vector NTI Suite 6.0等
5.質(zhì)粒作圖。
這也是最常用的序列顯示功能。我們要求軟件能對已知序列自動作圖，對未知序列但關鍵部位位置清楚的質(zhì)粒也能作圖。主要是標示各種酶切位點、基因序列、特定結構域序列。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
參考軟件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33等
6.結構域（motif）查找。
與限制酶的分析相似，這也是一個文本查找的內(nèi)容，關鍵在于以何種方式顯示查詢結果。
推薦軟件：Primer Premier 5.0
7.序列查找下載工具。
推薦軟件：Vector NTI Suite 6.0: PubMed-Entrez Searching
參考軟件：Network Entrez
8.RNA二級結構預測及分析。
似乎人們在二級結構預測方面沒有什么明確的模型。因此，對這類軟件只能以參考參考的心態(tài)來使用了，不能報任何希望。
推薦軟件：RNAdraw 1.1b2
參考軟件：RNAStructure 3.5
9.蛋白二級結構分析。
不要指望軟件能給你帶來一個有三維結構的蛋白，所謂的分析只能給你一個蛋白某些片段有形成什么結構的趨向。結果判定還是要靠人本身。
推薦軟件：Vector NTI Suite 6.0 ：Bioplot
參考軟件：Antheprot 4.5
10.克隆策略圖譜。
幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來畫出整個克隆過程，各種位點只能大概估計，與核酸的序列之間的關系當然無從談起。現(xiàn)在終于有可以解決問題的軟件登陸了。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
11.三維結構顯示。
用各種方法計算出來的各種三維結構的數(shù)據(jù)只有在相關軟件幫助的情況下，才能顯示出其本來面目，使得我們對這些分子的結構有一個直觀的體會。
推薦軟件：RasMol 2.7.1
參考軟件：ICMlite 1.0 Cn3D
12.翻譯/ORF Finding
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
參考軟件：Primer Premier 5.0，Vector NTI Suite 6.0
13.格式轉(zhuǎn)換。
各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數(shù)據(jù)帶來了困難。格式轉(zhuǎn)換軟件可以將不同格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換以方便使用。
推薦軟件：Seqverter 1.3
參考軟件：Visual Sequence Editor 1.1， Genestudio

　三、實驗操作和數(shù)據(jù)分析階段
??本階段由于各實驗室的設備和方法的不同差異太大，如若用到軟件，請參考機器配備之軟件。但也有一些共同的要求和使用的軟件。
1.單向電泳條帶定量分析。
推薦軟件：BandScan 4.50
參考軟件：band leader 3.0
2.據(jù)統(tǒng)計分析作圖。可能在某些情況下需要用到這類軟件。由于專業(yè)的統(tǒng)計軟件也很多，比較出色。我們只推薦一個比較適合生物的軟件SigmaPlot 2000。
3.序列拼裝。這是多基因方面用得比較多的程序，在單基因的研究中有時也會用到。
推薦軟件：SeqMan 4.03 （Lasergene Suite）
參考軟件：Vector NTI Suite 6.0

　四、文章寫作和結果發(fā)表
??本階段主要是對所獲得的結果整理，并發(fā)表在合適的地方。
1.文獻引用。
推薦軟件：EndNote 5.0
參考軟件：Reference Manager 9.0
2.生成出版質(zhì)量的圖片。發(fā)表時，對用到的分子結構的圖片質(zhì)量要求較高，直接從RasMol等軟件中截取的圖片質(zhì)量不夠精美。
推薦軟件：Pov-Ray for Windows 3.1
參考軟件：molmol 2.5.1,mole 1.1.8
3.序列遞交。結果中有新的序列需要遞交到各大數(shù)據(jù)庫中必須符合各數(shù)據(jù)庫的要求。除了下面推薦的軟件外，也可以通過寫好一種格式后，用格式轉(zhuǎn)換軟件轉(zhuǎn)換為其他種類格式，以向不同的數(shù)據(jù)庫遞交序列。