SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列數據庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。數據庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄后修飾、特殊位點和區(qū)域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗余序列，并與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。利用序列提取系統(tǒng)(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的數據庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。